Sinopse: Aventurando-se no deserto, o cético Ryouta Murakami e o ambicioso Kuroneko estavam em busca de provar a existência de vida extraterrestre quando ocorreu um trágico acidente, ceifando Kuroneko de sua vida e deixando Ryouta em estado gravemente ferido. Dez anos se passaram desde o desastre, e Ryouta agora está vivendo uma vida normal no ensino médio. Ele promete provar que os alienígenas são reais em homenagem ao seu falecido amigo. Um estudante transferido chamado Neko Kuroha chega inesperadamente um dia, tendo uma notável semelhança com o falecido Kuroneko - mesmo compartilhando um nome semelhante. Mais misteriosamente, ela parece possuir poderes sobrenaturais. À medida que Ryouta se interessa mais por Neko, ele é atraído para um mundo mortal onde cientistas perigosos caçam bruxas mágicas que escaparam de seu laboratório de pesquisa secreto. Neko é um desses fugitivos, mas há muitos outros que estão em situações semelhantes, e cabe a Ryouta protegê-los de seus possíveis captores.