Sinopse: Em um futuro não muito distante, a humanidade avançou para um estado em que o transplante completo do corpo da carne para a máquina é possível. Isso permite grandes aumentos nas proezas físicas e cibernéticas e confundir as linhas entre os dois mundos. No entanto, os criminosos também podem fazer uso total dessa tecnologia, levando a crimes novos e, às vezes, muito perigosos. Em resposta a esses novos métodos inovadores, o governo japonês estabeleceu a Seção 9, uma unidade policial independente que lida com esses crimes altamente delicados. Liderada por Daisuke Aramaki e Motoko Kusanagi, a Seção 9 trata de tais crimes em todo o espectro social, geralmente com sucesso. No entanto, ao se deparar com um novo hacker de nível A apelidado de "The Laughing Man", a equipe é lançada em um perigoso jogo de gato e rato, seguindo o rastro do hacker que deixa sua marca no Japão.