Sinopse: Outro lindo verão se passa para Illyasviel von Einzbern. Fazendo uma pausa em seus deveres de garota mágica, ela aproveita seu tempo livre após coletar os Cartões de Classe com sua melhor amiga Miyu Edelfelt. No entanto, sua pausa chega a um fim abrupto quando ela e Miyu são sequestrados por Rin Toosaka e Luviagelita Edelfelt, enquanto saem com seus amigos. As garotas mágicas descobrem que seu trabalho está longe de terminar, pois a Torre do Relógio as informa que o mana fora de controle que se pensava ter sido selado continua a se dispersar pela cidade de Fuyuki. Depois de ir para o ponto de origem do mana fora de controle, Illya e Miyu têm a tarefa de resolver a anomalia. Mas depois de lançar seu feitiço, Illyasviel descobre que ela está dividida em duas pessoas! Enquanto essa nova forma misteriosa se espalha, ela só pode se perguntar: o que virá da existência de seu dopplegänger, correndo loucamente na cidade desavisada?